症状
Xcode のバージョンは 7.3 です。Organizer でアプリの Validate が通り、最後の Upload to App Store... の際にエラーが出ます。
この状態で Upload を押すと、エラーになってアップロードできません。
原因
Xcode にフォルダを追加する際、"Create folder references" を選択すると発生します。フォルダの中に framework や archive など含まれているのが原因です。
対応
framework などが入っているフォルダを追加する場合は、"Create groups" で追加します。Xcode 上では黄色いフォルダで表示されます。
("Create folder references" で追加すると、青いフォルダになります)